上海理工大学和市应急局通过会商机制指导学院工作，原则上每年召开一次由双方主要领导参加的高级别会商会议，听取工作汇报、研究重大议题、布置未来工作；每年召开两次由市应急局职能处室领导与学院领导参与的工作推进会议，协调、推动和指导学院具体工作的落实和开展。学院内设专家指导委员会、行政办公室和三个科研实践中心。

 专家指导委员会结合会商会议精神，提出学院建设发展指导性意见，形成长、中、短期建设任务并交由学院执行。行政办公室在学院领导的指导下负责学院日常运行事务。

  联合研发中心负责对接市应急局及其他相关单位的业务需求，制定学院科研发展规划，组织校内外相关团队开展研究活动，组织学院师生参与上海市应急管理系统及其他相关系统的挂职锻炼；实验中心负责智慧应急管理实验室的建设，省部级/国家级平台基地申请，组织师生参与应急管理相关创新创业活动；智库中心负责管理智库名单，打通上报渠道，收集研究选题，组织开展研究，上报研究材料，汇编智库研究成果。